Uprawa tytoniu może być porażona przez węgorka chryzantemowca (Aphelenchoides ritzemabosi). Nicienie atakują początkowo liście dolne, a potem stopniowo coraz wyższe. Na porażonych liściach pojawiają się przebarwienia ograniczone nerwami liści, potem liście stopniowo zasychają.

Tytoń może być uszkadzany przez niszczyka zjadliwego (D.dipsaci). Porażone rośliny są mniejsze od roślin zdrowych. Od podstawy łodygi pojawiają się pęcherzykowate zgrubienia, wewnątrz których tkanka jest luźna i włóknista. Liście są mniejsze, węższe. Od dołu liście zasychają. Silnie porażone rośliny zagniwają u podstawy i wywracają się. Występowaniu większych szkód sprzyja chłodne i wilgotne lato.

Korzenie tytoniu chętnie zasiedlają guzaki (Meloidogyne spp.). W Polsce jest to głównie guzak północny (M. hapla), ale roślina ta jest żywicielem większości  gatunków guzaków żerujących na roślinach dwuliściennych. Objawem obecności guzaków są wyrośla na korzeniach i słabszy wzrost roślin

System korzeniowy tytoniu chętnie uszkadzają także korzeniaki (Pratylenchus spp.), w tym korzeniak szkodliwy (Pratylenchus penetrans) czy korzeniak pospolity (P. neglectus), ale także gatunki związane z klimatem łagodniejszym, jak P. brachyurus czy P. zeae.  Nicienie tego rodzaju powodują uszkodzenia i zamieranie korzeni, redukcję systemu korzeniowego, co wpływa na słabszy wzrost roślin.

Korzenie tytoniu chętnie zasiedla także związany z m.in. tym gatunkiem mątwik tytoniowy (Globodera tabacum). Mątwik ten występuje na wielu kontynentach, także Europie - ale jak dotąd podawany z jej cieplejszych rejonów.