Najczęstszymi wśród nicieni szkodnikami rzepaku są mątwiki (Heterodera spp.) – mątwik burakowy (H. schachtii) i mątwik krzyżowiak (H. cruciferae). Porażone rośliny wolniej się rozwijają, bywają jaśniejsze niż zwykłe zabarwienie i wytwarzają dodatkowe korzenie. Od czerwca na korzeniach  można zaobserwować białe samice mątwika.

Uprawy rzepaku może także niszczyć niszczyk zjadliwy (Ditylenchus dipsaci). Rośliny porażone we wczesnej fazie rozwoju wolniej się rozwijają, mają skarłowaciałe pędy główne i zdeformowane liście. Doniesienia o uszkodzeniach rzepaku przez ten gatunek nicienia są dość rzadkie.

Korzenie rzepaku mogą uszkadzać korzeniaki (Pratylenchus spp.), głównie korzeniak szkodliwy (P. penetrans) lub korzeniak pospolity (P. neglectus). Porażone rośliny są zahamowane w rozwoju. Przy silnym zakażeniu gleby na polu można obserwować place karłowatych, żółknących roślin Takie objawy często mylone są z innymi czynnikami, a tylko analiza roślin i gleby pozwala określić właściwego sprawcę obserwowanych uszkodzeń.