Uprawy chmielu mogą być uszkadzane przez niszczyki (Ditylenchus spp.), zarówno niszczyka zjadliwego (D.dipsaci), jak i niszczka ziemniaczaka (D. destructor).Objawami obecności tych nicieni jest słabszy wzrost części nadziemnych roślin, karłowatość.

Korzenie chmielu pasożytuje związany ściśle tym gatunkiem mątwik chmielowy (Heterodera humuli). Mątwik ten występuje w wielu krajach Europy (w tym w Niemczech czy Rosji), ale jak dotąd z Polski nie podawany. Pierwsze samice mątwika na korzeniach chmielu można obserwować od połowy czerwca, a cysty w glebie od końca lipca. Nicienie mogą być roznoszone przez sadzonki. Mątwik ten pasożytuje również pokrzywy.

Korzenie chmielu chętnie zasiedlają guzaki (Meloidogyne spp.). W Polsce jest to oczywiście guzak północny (M. hapla). Najwrażliwsze na szkodzenia są młode rośliny, a analizy pod kątem występowania szkodliwych dla tej wieloletniej uprawy nicieni powinny być wykonywane przed założeniem plantacji.