W szkółkach drzew i krzewów owocowych należytą uwagę należy zwrócić na nicienie przenoszące wirusy roślinne. W tych uprawach na szczególną uwagę zasługują przenoszące wiele wirusów roślin sadowniczych nicienie z rodzaju Longidorus (długacze) oraz Xiphinema (sztylaki).
Przed założeniem uprawy szkółkarskiej konieczne jest wykonanie badania gleby na obecność tych nicieni. Późniejsze wykrycie ich w glebie uniemożliwi rozpowszechnianie materiału rozmnożeniowego i kwalifikowanego - zarówno w obrocie międzynarodowym, jak i krajowym (EPPO 4/35).
Warto także zwrócić uwagę, czy wzrost młodych roślin nie będzie hamowany przez inne nicienie występujące w glebie – szczególnie korzeniaki (Pratylenchus spp.) i guzaki (Meloidogyne spp.).