W uprawie roślin cebulowych największe zagrożenie stanowią niszczyki, głównie niszczyk zjadliwy (Ditylenchus dipsaci). Na skutek żerowania tego nicienia w zagęszczeniu 4–8 osobników/100 g gleby zmniejszenie plonu sięga nawet 50%, a cebulki nie nadają się do rozmnażania czy przechowywania.
![niszczyk_zjadliwy_cebulowe1 niszczyk_zjadliwy_cebulowe1](https://nefscience.pl/wp-content/uploads/2021/04/Ceb+kłącz1-768x696.jpg)
![korzeniak_szkodliwy_cebulowe korzeniak_szkodliwy_cebulowe](https://nefscience.pl/wp-content/uploads/2021/04/Ceb+kłącz2-768x637.jpg)
W uprawie roślin cebulowych i kłączowych poważnymi szkodnikami są korzeniaki – u nas głównie korzeniak szkodliwy (P. penetrans), z wyjątkiem konwalii – gdzie ważnym szkodnikiem jest korzeniak konwaliowy (Pratylenchus convallariae), który prowadzi do poważnych nekroz korzeni i redukcji systemu korzeniowego tej rośliny, czym znacząco hamuje wzrost.
Niektóre z roślin cebulowych czy kłączowych mogą być także porażone przez węgorki (Aphelenchoides spp.). Poważne szkody może spowodować zwłaszcza A. subtenius infekując krokusy, czosnki, tulipany, narcyzy czy lilie.
![Ceb+kłącz3](https://nefscience.pl/wp-content/uploads/2021/04/Cebklacz3-768x576.jpg)
![nicienie_cebulowe_4](https://nefscience.pl/wp-content/uploads/2021/04/Cebklacz4-768x576.jpg)
Zagrożeniem dla cebulowych roślin ozdobnych są nicienie przenoszące wirusy roślinne długacze, sztylaki i krępaki. Sztylaki mogą rozprzestrzeniać choroby wirusowe w uprawach narcyzów, tulipanów, krokusów i lilii; długacze – w uprawie narcyzów i tulipanów; krępaki – w uprawie narcyzów, tulipanów, hiacyntów i krokusów.