W uprawie roślin cebulowych największe zagrożenie stanowią niszczyki, głównie niszczyk zjadliwy (Ditylenchus dipsaci). Na skutek żerowania tego nicienia w zagęszczeniu 4–8 osobników/100 g gleby zmniejszenie plonu sięga nawet 50%, a cebulki nie nadają się do rozmnażania czy przechowywania.

W uprawie roślin cebulowych i kłączowych poważnymi szkodnikami są korzeniaki – u nas głównie korzeniak szkodliwy (P. penetrans), z wyjątkiem konwalii – gdzie ważnym szkodnikiem jest korzeniak konwaliowy (Pratylenchus convallariae), który prowadzi do poważnych nekroz korzeni i redukcji systemu korzeniowego tej rośliny, czym znacząco hamuje wzrost.

Niektóre z roślin cebulowych czy kłączowych mogą być także porażone przez węgorki (Aphelenchoides spp.). Poważne szkody może spowodować zwłaszcza A. subtenius infekując krokusy, czosnki, tulipany, narcyzy czy lilie.

Zagrożeniem dla cebulowych roślin ozdobnych są nicienie przenoszące wirusy roślinne długacze, sztylaki i krępaki. Sztylaki mogą rozprzestrzeniać choroby wirusowe w uprawach narcyzów, tulipanów, krokusów i lilii; długacze  – w uprawie narcyzów i tulipanów; krępaki – w uprawie narcyzów, tulipanów, hiacyntów i krokusów.