Oczywiście każdy zdaje sobie sprawę, że w uprawach roślin cebulowych najgroźniejszym szkodnikiem jest niszczyk zjadliwy (Ditylenchus dipsaci). Gatunek bardzo trudny do wyeliminowania, a jego obecność sprzyja problemom związanym z chorobami roślin, głównie pochodzenia bakteryjnego. Rasa żerująca na cebuli i czosnku atakuje m.in. pietruszkę, pasternak, szpinak, fasolę, soję i groch.
W uprawie cebuli i czosnku bardzo istotny jest także korzeniak szkodliwy (Pratylenchus penetrans). Korzeniaki uszkadzają system korzeniowy roślin, nie powodując uszkodzeń główek czosnku czy cebul. Powodują jednak nekrozy korzeni, które prowadzą do czernienia i zamierania systemu korzeniowego.
Uprawom czosnku i cebuli zagrażają także krępaki, nicienie z rodzaju Trichodorus. Są wektorami wirusa nekrotycznej kędzierzawki tytoniu (TRV), sporadycznie infekującego rośliny czosnku i cebuli. Żerując na korzeniach roślin, powodują ich deformacje i przyczyniają się do zaburzeń wzrostu roślin. Odpowiadają za słabe wyrośnięcie organów spichrzowych i redukcję plonu. Straty obserwuje się zwykle w wypadku uszkodzenia siewek.
Niekiedy może dochodzić do uszkodzeń roślin cebulowych w związku z żerowaniem spiralnika łąkowego (Helicotylenchus pseudorobustus). Żerując na korzeniach, szkodnik powoduje ich deformacje i mikrouszkodzenia, co wpływa na osłabienie wzrostu roślin i ich plonowanie. Negatywny wpływ tego spiralnika na rośliny stwierdzany jest przy liczebności powyżej 100 osobników/100 ml gleby.