Najpoważniejszym szkodnikiem marchwi jest guzak północny (M. hapla). Objawem obecności jest często okresowe więdnięcie roślin przy nasłonecznieniu. Na korzeniach roślin powoduje wyrastanie nadmiaru drobnych korzeni oraz tworzenie się wyrośli na korzeniach bocznych. Korzeń główny jest zdeformowany i zahamowany we wzroście.

Do strat w uprawie marchwi często dochodzi z powodu żerowania korzeniaków (Pratylenchus spp.). Objawem ich żerowania są nekrozy, które są łudząco podobne do infekcji przez patogeny, a często wtórnie przez nie zasiedlane. Często pojawiają się nietypowe objawy uszkodzeń, będące wypadkową żerowania nicieni w obecności niektórych patogenów.

Sporadycznie do uszkodzeń korzeni marchwi dochodzi w wyniku żerowania długaczy (Longidorus spp.) lub krępaków (Trichodorus i Paratrichodorus spp.). Nicienie te, oprócz swojej bezpośredniej szkodliwości, przenoszą niektóre wirusy roślinne. W wyniku żerowania krępaków dochodzi do zgrubienia i silnego skrócenia korzeni bocznych. Przy żerowaniu długaczy często obserwowane są rozwidlenia korzeni, ale bez efektu tworzenia się brody korzeniowej.

Objawy są na tyle mało charakterystyczne, że diagnoza wymaga potwierdzenia analizami laboratoryjnymi.

Na glebach cięższych do strat ekonomicznych może także doprowadzić żerowanie spiralników (Helicotylenchus i Rotylenchus spp.). Objawy to często rozwidlenia i skrócenia korzeni spichrzowych marchwi, które mogą wskazywać na wiele innych czynników. Właściwą diagnozę można postawić tylko po wykonaniu analiz laboratoryjnych.

Mątwik marchwiowy (Heterodera carotae) to nicień występujący w kraju, ale jak do tej pory w Polsce nie ma znaczenia gospodarczego. Doniesienia z cieplejszych rejonów Europy, m.in. z Francji wskazują na rosnące znaczenie tego gatunku. Dlatego warto w sezonie zwrócić uwagę, czy na korzeniach nie będą widoczne białe samice tego mątwika – przypominające te obserwowane na burakach. Mątwik marchwiowy poraża tylko Daucus carota i nie stanowi zagrożenia dla innych upraw.